Bostadsrättsföreningen HSB Flaggskepparen startades i samband med att husen började planeras 2005. Projektet färdigställdes 2007 och under tidig vår 2008 flyttade de första medlemmarna in. Föreningen består av 56 lägenheter med en samlad yta om 4.685,4 kvadratmater samt en hyreslokal på 122,5 kvadratmeter
Medlemmarna i bostadsrättsföreningen äger gemensamt de båda husen. Varje medlem har inte köpt sin lägenhet i sig, utan en andel i föreningen.
HSB Flaggskepparen äger fastigheten Malmö Flaggskepparen 2. Tomten är friköpt och föreningen behöver alltså inte betala tomträttsgäld till Malmö kommun.
HSB Flaggskepparen är en av 258 HSB-föreningar som ingår i regionföreningen HSB Malmö.