Hela Västra hamnen är uppbyggd av utfyllnadsmassor som har lagts i havet. Innan något kunde börja byggas i kvarteret Flagghusen måste marken saneras i den västra delen. Ett lager på två meter jord schaktades bort där det fanns föroreningar. Enligt fastighetskontoret rörde det sig om 1 750 ton förorenade jordmassor. Dessutom forslades 3 500 ton hindrande material bort, bland annat betongsjok och gamla skeppsdelar. Den östra delen fylldes ut inför etableringen av Saabfabriken i Västra Hamnen. Dessa sandmassor var tillräckligt rena för att man inte skulle behöva sanera inför bostadsbyggandet.