Den årliga föreningsstämman, som brukar äga rum i oktober, väljer en styrelse på sex personer. Utöver den valda styrelsen har HSB Malmö en ledamot i styrelsen.
Styrelsen möts en gång i månaden för ordinarie styrelsemöten då beslut fattas. Besluten gäller allt från vilka nya överlåtelser som ska godkännas till långsiktig ekonomisk planering. Alla sju ledamöter i styrelsen bär ansvar för de fattade besluten. Mellan de ordinarie mötena hålls arbetsmöten då olika frågor och förslag diskuteras, och då beslutsunderlag förbereds.
Styrelsen fördelar inom sig vem som ska vara ordförande, vice ordförande, sekreterare och studieorganisatör. Styrelsen kan också dela ut olika ansvar sinsemellan.
Den dagliga driften sköts av förvaltningen.
Styrelse beslut påverkar alla medlemmars ekonomi och trivsel. Alla medlemmar har därför möjlighet att på föreningsstämman välja vilka som ska ingå i styrelsen. Alla medlemmar har också möjlighet att till valberedningen föreslå kandidater till styrelsen.