Kommundelsnamnet Hägernäs omnämns första gången som Hegrenes 1539, uppkallat efter de hägrar som häckade vid Stora Värtan. Hägernäs var arrendegård under Rydboholm under 1500-talet. Under 1700-talet fanns här en vattenkvarn. Folket på Hägernäs rodde in till Stockholm för att hämta stadsbornas tvätt. Inte långt från Hägernäs ligger Rönninge by ett kulturellt friluftscenter som lockar både kommunborna och utomstående, särskilt vid midsommar. Byn var bebodd redan på yngre järnålder. Roslagsbanans station Hägernäs invigdes 1917.